El primer sorteo de El Gordo de La Primitiva tiene lugar el 21 de octubre de 1993. En sus comienzos se trataba de un sorteo mensual celebrado el último domingo de cada mes. El precio de la apuesta era entonces de 500 pesetas y se ponían a la venta dos tipos de billetes. Por un lado, y mediante el sistema de Loterías y Apuestas del Estado, estaban a disposición del jugador los mismos billetes que los de la Lotería Primitiva (en un color diferente), a rellenar por el usuario. Pero, además, existía la posibilidad de adquirir billetes preimpresos con la combinación y el número de reintegro incluidos.

El primer acertante del premio mayor tardó seis meses (seis sorteos) en aparecer. Fue el 26 de junio de 1994, y el premio para el poseedor del boleto, sellado en Córdoba, fue de 1.116 millones de pesetas.

En 1997 El Gordo de La Primitiva era ya un sorteo muy exitoso en España, y se tomó la decisión de que pasase a celebrarse semanalmente. Así, el 28 de septiembre de de ese año se celebró el último sorteo mensual, mientras que el primero semanal tuvo lugar al cabo de dos semanas: el 12 de octubre. El precio de la apuesta quedaba oficialmente establecido en 250 pesetas, que en el año 2001, con el cambio de moneda, pasaría a ser de 1,50 euros.

A principios del año 2005 las normas de El Gordo de La Primitiva sufrieron sustanciales modificaciones en cuanto a la estructura de juego. Con el nuevo formato aumentaron las categorías de premios hasta un total de ocho. Esto no sólo ofrecía mayores expectativas de premios, sino que incluía un "premio mínimo garantizado".